在副作用上，依维莫司（Rolimus）比较要注意的副作用包括口腔炎(口腔溃疡或黏膜炎)、皮肤疹、B型肝炎病毒再活化导致肝功能异常，及非感染性肺炎的问题。因此若有这方面的不适或出现呼吸道症状如咳嗽、呼吸困难等时，就应尽早告诉医师，随时停止用药或减少剂量，同时使用一些症状控制的药物，就可使病患尽可能减少副作用的伤害，而因为依维莫司的使用而获益。
依维莫司口服吸收之后，在体内会经肝脏酵素代谢，大部分由粪便排除，少部分经由肾脏排除。含有高量脂肪的食物可能会影响其吸收，一般建议服用依维莫司时，不论空服或随餐，尽量维持同样的服用习惯，如果一开始是空腹服用，就维持每次服用皆是空腹。另外因依维莫司经由肝酵素代谢，所以可能与一些经由相同酵素代谢的药物有交互作用。
所以如果并用其他药物，请事先谘询您的医师或药师。在食物方面，如葡萄柚这类可能影响肝脏酵素活性的食品，会导致依维莫司（Rolimus）在体内的浓度变高，在服药期间应避免食用。副作用的方面，比较常见的副作用包括口腔溃疡、容易感染、疲倦、皮疹、腹泻、食欲降低等，严重的副作用可能会有肺脏或呼吸异常。
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