使用莫洛匹韦/莫诺拉韦产生的突变类型进行了计算研究。Jena和她的同事发现，当莫洛匹韦/莫诺拉韦核苷酸类似物与正常碱基配对时，它们与其他类似物碱基（瑞德西韦，加利西韦，法匹拉韦和利巴韦林）之间的结合更稳定。它甚至比典型的G：C对更稳定，并且具有与其Watson-Crick结构相似的结构。这种适当性可以解释病毒复制过程中核酸外切酶校对的逃逸。这一结果使用缺乏核酸外切酶的SARS-CoV复制子证实，其中莫洛匹韦/莫诺拉韦活性没有显着影响。
莫洛匹韦（Molnupiravir）/莫诺拉韦在患者体内的变化很快
在另一项计算机研究中，Padhi等人发现，与瑞德西韦相比，SARS-CoV-2的非结构蛋白12（nsp12）中的结合位点相对免疫莫洛匹韦/莫诺拉韦突变，这可以解释莫洛匹韦/莫诺拉韦对瑞德西韦耐药SARS-CoV-2的有效性。Agostini等人对中东呼吸综合征冠状病毒进行的一项研究发现，主要的过渡类型是谱系依赖性的，这意味着在其中一个研究谱系中，它在另一个中东呼吸综合征冠状病毒谱系中每种过渡类型（G：A A：G和C：U和U：C）的数量几乎相等。这项研究表明，多个过渡突变的积累可以实现对莫洛匹韦/莫诺拉韦的低水平耐药性。
在体内也观察到用莫洛匹韦/莫诺拉韦体外处理时在中东呼吸综合征冠状病毒基因组中观察到的核苷酸转变。发现突变率的增加与密码子变化频率的频率（包括终止密码子）与小鼠的治疗效果程度之间存在正相关关系。在Abdelnabi等人2021年对感染SARS-CoV-2的仓鼠进行的研究中，在莫洛匹韦/莫诺拉韦治疗组中发现突变积累较高，尤其是在C到T和G到A转换中，以剂量依赖性方式。
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