丙肝的高比例慢性化和基因水平的高度变异性，使诊断和治疗复杂化。这也是为什么丙肝治疗方法多的主要原因。目前发现的丙肝病毒，按基因型就可以分为1-6种，而且各种基因型的丙肝患者分布区域不一。不同基因型对治疗应答的影响，构成了对HCV进行基因分型检测的必要性。目前在我国指南中干扰素和利巴韦林联合治疗仍是丙型肝炎标准方案。
目前直接抗病毒药物主要分为三类：（1）NS3/4A蛋白酶抑制剂；（2）NS5B聚合酶抑制剂；（3）NS5A抑制剂。它们作用于丙肝病毒复制的不同环节，抑制病毒复制，从而发挥直接抗病毒作用。在这些药的说明书中对于不同基因型患者采取的治疗方案是不同的。在丙肝病毒基因型不明的情况下实施治疗可能会导致治疗失败或治疗时间延长，世界卫生组织以及中国丙肝防治指南中都建议：临床医生需要依据丙型肝炎的不同基因型选择治疗方案。
我国已经正式批准上市的口服丙肝治疗药物目前一共有5种，分别是施贵宝公司的百立泽（盐酸达拉他韦片）和速维普（阿舒瑞韦软胶囊）；吉利德公司的索华迪（索磷布韦片）和吉三代（丙通沙）；艾博维公司的易奇瑞（达塞布韦钠片）。它们的特点各不相同，其中以吉三代的治疗效果最好，副作用最小，患者一般用药3个月就可以治愈丙肝。
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