目前来看，丙肝新药的禁忌症比较少，但妊娠期和哺乳期妇女是绝对不能用的，合并其他疾病、并且所用药物之间有相互作用的患者，也需要慎用干扰素，除此之外，大多数丙肝患者都可以应用DAA药物。丙肝新药是目前优先选择的丙肝的治疗方法。
对于有心动过缓、尤其是用胺碘酮治疗的患者，如果同时服用索非布韦、达卡他韦进行丙肝的治疗，会加重心动过缓，导致严重的心律失常，所以这类患者一定要慎用DAA药物。另外，由于DAA药物本身是酶诱导剂，如果患者同时在服用抗结核药、抗癫痫药及平喘药物，会因相互作用导致血液中的药物浓度过高或过低，引起严重的不良反应。因此，这些患者服用DAA药物，一定要先请专科医生进行评估，避免不良反应的发生。
在我国，HCV基因型以1b和2a型居多，尤其是1b型约占我国HCV感染人数的50%以上。根据目前的指南推荐，1b型感染者用吉二（索非布韦和雷迪帕维的组合剂）比较好;2a型感染者可以用索非布韦和利巴韦林，有效率在89%左右，也可以用索非布韦和达卡他韦的组合方案，有效率可达93%。随着吉三代的问世，吉三代对所有类型有效。尤其对3型的治愈率提高很多。所以现在也可以省去做分型检查。
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