法匹拉韦是一种广谱抗病毒药物，可用于治疗流感。先前的研究已经确定法匹拉韦可能是一种诱变剂，但尚未描述法匹拉韦在流感病毒RNA中诱导的精确突变偏倚。在这里，使用具有单个RNA分子条形码的下一代测序（NGS）来准确定量地检测法匹拉韦诱导的突变，并对比通过Sanger测序可能多几个数量级的突变进行采样。我们证明法匹拉韦引起突变，并表明法匹拉韦主要作为鸟嘌呤类似物，其次作为腺嘌呤类似物导致过渡突变的积累。
法匹拉韦（Favipiravir）可通过二代测序确定对于流感病毒疗效
为了测试法匹拉韦如何影响重组病毒聚合酶的突变率，我们对正链H3 HA RNA进行了测序。由于每个单独的条形码代表一个单独的cDNA分子，因此代表一个RNA分子，因此我们计算了每个条形码的共识序列。大多数读数中未出现的突变归因于PCR或测序错误，并从进一步的分析中删除。我们总共分析了大约6，900，000个测序数据碱基中的6，623个替换显示每个样品高于基线（0μM法匹拉韦）的每10，000个核苷酸的突变数。随着法匹拉韦浓度的增加，突变的数量增加。在测试的最高浓度法匹拉韦（100μM）下，与对照相比，平均每10，000个核苷酸将增加13个错误。我们改变了包含条形码。截止值的选择没有显著改变<10读数值的结果。我们选择了每个条形码四次读取的截止值，因为这消除了与每个条形码读取次数少相关的一些错误，同时包括了大部分数据。
接下来，我们将测序鉴定的突变分类为转换或转位或单个碱基对突变.我们的结果证实，突变率增加的主要原因是过渡突.随着法匹拉韦浓度的增加，转位突变率没有增加（F检验，F = 0.4593，df = 1，4，P= 0.5351）。最常见的转变是C→U和G→A突变，当法匹拉韦作为鸟嘌呤类似物时会诱导。然而，从U→C和A→G的反向跃迁也有较小的增加，其中法匹拉韦作为腺嘌呤类似物。平均而言，与U→→C或A→G突变相比，CU或G→A突变率增加了约3.5倍。
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