建模的HCoV-NL63 RdRp结构和从PDB数据库(PDB Id 7C2K)中检索到的SARS-CoV-2 RdRp结构用于对接法匹拉韦和瑞德西韦。分别围绕545至555和540至550的活动区域定义了SARS-CoV-2和HCoV-NL63 RdRp网格,并在DS平台的LibDock模块中完成了与法匹拉韦和瑞德西韦的定向对接。
法匹拉韦(Favipiravir)和瑞德西韦z在SARS-CoV-2的分子对接情况
使用法匹拉韦的SARS-CoV-2和HCoV-NL63 RdRp的LibDock评分分别为75.223和74.005,分别形成一个和三个氢键(图)。1A,B,D,E)。与法匹拉韦相比,瑞德西韦似乎与RdRp结合具有更高的亲和力。瑞德西韦与SARS-CoV-2和HCoV-NL63 RdRp的LibDock评分分别为135.037和151.462。瑞德西韦与两个RdRp的残基形成了五个常规氢键,以及其他静电相互作用,如范德沃尔斯。2A,B,D,E)。交互图像及其 2D 交互分析由 Discovery Studio 可视化工具生成。
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