恩替卡韦治疗乙肝的不良反应。常见的不良反应有转氨酶升高、头痛、疲劳、眩晕、恶心、腹部不适、肌痛、失眠、风疹等，这些不良反应多为轻度到中度。有研究显示，恩替卡韦在初始用药时可发生转氨酶升高，通常继续用药一段时间，转氨酶可恢复正常。因此用药期间需定期检测肝功能。
停止治疗后肝炎症状急性加剧或转氨酶复燃。因此，在停止治疗后应密切监测肝功能至少持续几个月，如有必要，需重新开始抗病毒治疗。上市后报道：类过敏反应、脱发、皮疹、乳酸酸中毒（失代偿期肝病患者乳酸酸中毒的风险较高）等。恩替卡韦用药注意事项。患者千万不要盲目的自行用药，应在医生的指导下服用恩替卡韦，并告知医生任何新出现的症状及合并用药情况。肝功能不全无需调整剂量。
与拉米夫定存在交叉耐药，因此拉米夫定耐药不可选恩替卡韦，对于拉米夫定耐药、可替换为替诺福韦酯或与阿德福韦酯联合用药，可以使耐药率明显下降。食物对口服吸收的影响，因此，恩替卡韦应空腹服用（餐前或餐后至少2小时）。恩替卡韦的耐药患者推荐换用替诺福韦酯或加用阿德福韦酯治疗。肾功能不全的患者中，当肌酐清除率＜50ml/分钟的患者应调整用药剂量。患者不可自行停药或更换药物，如达到停药标准的患者也应在医生指导下停药，停药后至少随访12个月，这一步骤必不可少，随访中如有病情变化，应缩短随访间隔。
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