1、恩替卡韦片具有强效的HBV抑制作用。抗病毒治疗最首要的观察指标就是HBV DNA载量的变化，初始治疗前HBVDNA多处于高水平复制状态，且病毒的复制常常引起肝脏炎症活动，患者出现乏力、恶心、面黄等体征。在应用恩替卡韦片等抗病毒药物之后，最先表现为HBV DNA的迅速下降。粗略估计，恩替卡韦1年平均能降低7次方的血清HBV DNA;替比夫定的抗病毒作用稍差，1年能降低6次方;HBV DNA如果能够快速实现转阴，则肝脏炎症也会得到有效控制，所以初始治疗选择恩替卡韦片的第一个原因就是因为它具有极强的病毒抑制功效。
2、恩替卡韦片抗病毒治疗的安全性最高。药物自身的副作用不仅会影响治疗的依从性，而其本身也是医生和患者选择用药的考虑因素之一。核苷(酸)类药物的安全性远好于干扰素，而四个核苷(酸)类药物相比，恩替卡韦片的安全性也是最高的。在长期抗病毒治疗中，使用恩替卡韦片进行治疗，很少发生不良反应。而拉米夫定虽然也比较安全，但耐药率极高，很容易发生病毒耐药。替比夫定虽然抗病毒能力强，但近些年的临床治疗中还是出现了几例严重的不良反应事件。阿德福韦酯具有潜在的肾脏毒性，需要定期检查排除。所以，绝大部分抗病毒初治患者都选用恩替卡韦片进行治疗。
3、恩替卡韦耐药性低。世上没有绝对完美的药物，核苷(酸)类药物虽然能够快速抑制HBV DNA复制，但在治疗过程中却有发生耐药的风险，而一旦病毒耐药，将导致治疗药物丧失疗效，已经取得的治疗效果前功尽弃，如果耐药不及时加以控制，病情将再次踏上乙肝三部曲的恶性转归。国内已上市的四个核苷(酸)类药物，都具有一定的耐药性，而恩替卡韦片是其中耐药率最低的，其治疗3年的耐药率不足1%，6年的耐药率仅为1.2%。耐药率越低，在长期抗病毒治疗中发生病毒耐药的几率就越低，病情持久控制的几率就越高，发生肝硬化、肝癌的可能性就越小。
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