从理论上讲，所有乙肝“小三阳”患者都该得到治疗。乙肝小三阳的存在无论是怎样一种形式，对人体健康都是一种潜在的威胁。临床统计发现，肝癌患者中，90%是‘小三阳’患者，乙肝肝硬化、重症肝炎患者中，‘小三阳’患者也占多数。但从目前的实际情况来看，全部治疗不太现实，这时可以根据情况区别对待。出现下面三种情况的患者一定要治疗。1.有明显的症状，如疲倦、食欲不振、腹胀、肝区不适等。2.肝功能反复波动，转氨酶、血清胆红素升高，白蛋白降低等。3.HBV-DNA检查呈阳性者。
如果乙肝小三阳患者乙肝病毒DNA呈阳性，肝功能检查反复波动，临床上常称为HBeAg阴性慢乙肝，主要是由于乙肝病毒变异引起的，此时必须进行抗病毒治疗。“小三阳”患者乙肝病毒DNA呈阳性，肝功能正常，此时很多医生可能认为不需要治疗，但临床上，通过肝穿发现这些患者肝组织病理炎症及纤维化程度通常比“大三阳”患者更严重，甚至部分患者已经出现了早期的肝硬化，因此这部分患者其实应该尽早考虑进行抗病毒治疗。还有40岁以上、病程达到10年的乙肝小三阳患者，若HBV-DNA呈阳性，大多存在着不同程度的炎症及肝纤维化，应进行积极有效的抗病毒治疗，对预防肝硬化及肝癌的发生，改善患者的预后，提高患者的生存质量，具有非常重要的意义。
目前乙肝抗病毒治疗主要有两大类药物，一是口服核苷（酸）类似物药，另外一个是长效干扰素。口服药物的优势是服用简单方便，副作用小，很多人容易接受。缺点是停药后特别容易复发，停药一年复发率高达60%-80%。因此，口服药物可能需要长期吃药，甚至终身吃药，但长期服药会产生耐药风险。另一类药物是干扰素，优点是可以通过有限的疗程实现停药，并且复发率较低，两年复发率低于20%，但缺点是副作用较大，一部分人不能耐受，如处于肝硬化失代偿期或有肝硬化腹水的；年龄比较大，超过65岁的；或有心脏病、糖尿病、肾病等在身的，就不适合使用。
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