随着医疗水平的不断发展，丙肝的治愈率已经很高了，但是乙肝的治疗尽管有了干扰素和核苷(酸)类药物的存在，可以得到有效控制和治疗，肝硬化的发生率和乙肝的病死率也明显降低，但仍没有能够彻底清除或消灭乙肝病毒的药物使乙肝病毒感染者彻底治愈。那么感染了乙肝病毒之后为什么那么难以治愈呢？原因有以下几点：首先，正如我们经常在临床中所说，大多数慢性乙肝病毒感染者是婴幼儿期感染的，乙肝病毒在机体免疫功能还不能认识它们时“乘虚而入”，免疫系统把病毒当成自己的“朋友”，和病毒“和平共处”，“互不干涉内政”，这在医学上称为“免疫耐受”。
第二，乙肝病毒侵入肝细胞后，很快在肝细胞内形成了一种完全闭合的环状双股DNA----cccDNA，也就是医生所说的病毒复制“模版”。这种病毒基因一旦形成，不仅像野草一样深深地“扎根”在肝细胞里，很难完全清除，而且像乙肝病毒的“种子”，不断生根发芽，繁殖着病毒的后代，再播种新的“种子”。科学家通过数学模式对这种cccDNA进行研究发现，至少要使用有效的手段长期抑制它们长达14年以上，才能使这种cccDNA完全耗竭。而这个病毒“耗竭”的时间只是一种推测，很可能需要更长期的甚至终生的抑制。如果中断对它们的抑制，它们很可能重新复活。
第三，乙肝病毒很容易变异。当病毒变异后，别说一些药物可能对它们无效，就连人体免疫系统也更加不易识别，只能任凭它们“藏”在肝细胞里作恶了。第四，目前的药物只能抑制病毒复制，不能清除病毒;而病毒却能发生变异，导致耐药。因此，我们对乙肝治疗的期望值不能太高，不能期望几天或几个月的抗病毒治疗就能完全治愈慢性乙肝或清除乙肝病毒，只能最大限度地抑制乙肝病毒复制，减轻肝细胞炎症坏死及纤维化，延缓和减少肝脏失代偿，肝硬化，肝细胞癌及其并发症的发生，从而改善生活质量和延长存活时间。
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