乙肝两对半是乙肝检查的最基本的检查项目，在临床上极为多见。乙肝两对半只能用来判断乙肝的阴阳性，不能准确的对病毒进行定量。乙肝两对半检查中存在的误区是常将不同的阴阳性模式与乙肝患者的临床症状或过程联系起来，有的甚至进行乙肝"两对半"的定量测定，以判断乙肝患者临床治疗的效果。
究其原因，主要是由于对病原体感染者体内相应抗原抗体的发生发展以及与疾病状态和抗病毒治疗之间的关系不了解。判断乙肝治疗效果的是病原体存在与否或存在数量的多少，而不是乙肝两对半的的检查。当治疗有效时，前者表现为病原体的消失，后者表现为病原体数量的动态性降低。因此，与治疗效果密切相关的是病原体存在与否或存在数量的多少。而抗体，因其是机体对病原体特定抗原成分的特异免疫应答产物，即使病原体因抗菌或抑病毒药物的应用已消失或大大减少，其也可能在体内存在相当长的一段时间或持续存在，其与病原体存在与否或存在数量无正相关关系。
乙肝两对半中HBsAg和乙肝病毒之间自然就缺乏正相关。也许有同仁要问，那么病原体抗原呢?其不是病原体上的一部分吗?应该说其含量高低与病原体之间有正相关了吧。这要具体情况具体分析。如上面提到的HBsAg和HBeAg就不行，因为HBsAg在乙肝患者血循环中以三种形式存在，即圆形颗粒、管形颗粒和Dan颗粒，其中只有Dan颗粒中存在乙肝病毒，但其仅占所有HBsAg的0.2%，其他绝大部分为空的圆形颗粒和管形颗粒，所以HBsAg和乙肝病毒之间自然就缺乏正相关。HBeAg通常与乙肝病毒存在之间有很好的正相关，但是HBeAg也不能作为乙肝患者抗病毒疗效观察的指标。
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