孕妇注射乙肝免疫球蛋白有可能导致乙肝病毒突变，产生乙肝病毒免疫逃逸株。如果该免疫逃逸株在人群中传播，现行的乙肝疫苗就无法预防乙肝传播。孕妇注射乙肝免疫球蛋白还有可能在孕妇体内形成乙肝病毒抗原抗体免疫复合物，这种免疫复合物有可能有潜在的危险性。同时，给乙肝表面抗原阳性孕妇在孕期注射乙肝免疫球蛋白，也会增加孕妇不必要的医疗费用。
鉴于上述原因，世界卫生组织、美国肝病学会、欧洲肝病学会、亚太地区肝病学会、我国肝病学分会和感染病学分会制定的关于阻断乙肝病毒母婴传播的策略中，均未建议给乙肝病毒表面抗原阳性的孕妇在孕期中注射乙肝免疫球蛋白，以预防乙肝病毒的母婴传播。
关于如何预防乙肝表面抗原阳性母亲所生新生儿的母婴传播，在中华医学会肝病学分会和感染病学分会制定的《慢性乙型肝炎防治指南（2010年版）》中有明确建议：“对HBsAg阳性母亲的新生儿，应在出生后24小时内尽早（最好在出生后12小时内）注射乙肝免疫球蛋白，剂量应≥100IU；同时在不同部位接种10μg重组酵母或20μg中国仓鼠卵母细胞(CHO)乙型肝炎疫苗，在1个月和6个月时分别接种第2和第3针乙型肝炎疫苗，可显着提高阻断母婴传播的效果。也可在出生后12小时内先注射1针HBIG，1个月后再注射第2针HBIG，并同时在不同部位接种1针10μg重组酵母或20μgCHO乙型肝炎疫苗，间隔1和6个月分别接种第2和第3针乙型肝炎疫苗。新生儿在出生12小时内注射HBIG和乙型肝炎疫苗后，可接受HBsAg阳性母亲的哺乳。”
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