病毒变异可以发生在乙肝病毒各个不同的基因片段，而不同基因片段变异后的结果又各不相同，发生在前C区的变异，可以表现为乙肝小三阳；发生在S区的变异，可以表现为表面抗原与表面抗体同时阳性的结果。
机体清除乙肝病毒往往表现为“持久战”形式，当使用一些抗病毒药物，或是机体免疫功能增强时，供给病毒作用增强，病毒数量减少，甚至出现阴转。而一旦停药或机体免疫力下降时，如在过度疲劳、熬夜、感染、营养不良、缺乏锻炼等情况下，病毒复制就会重新活跃起来此时就会又出现乙肝病毒DNA阳性，乙肝小三阳消失，乙肝大三阳再现。
慢性乙肝患者体内不断地发生着病毒与机体免疫系统的斗争，此消彼长，旧的平衡不断被打破，再建立新的平衡，病毒数量和病毒复制水平不断发生，每天病毒的数值都不同，这种变化的原因十分复杂，主要是受药物或机体免疫系统的压力影响，其次病毒的复制也有其自身的代谢动力学特征，如果我们能够用定量方法去监测病毒数量的变化，就会发现体内的病毒颗粒数量不断地增减。
乙肝小三阳和乙肝小三阳也不是恒定的，而是经常发生互变。“大三阳”与“小三阳”的互变还有年龄因素，儿童与青年乙肝患者以“大三阳”为主，而中老年患者则以“小三阳”为主。即随着年龄的增加，乙肝病毒e抗原阳性率逐渐下降，e抗体阳性逐渐上升，这其中既有病毒复制水平逐渐低下的因素，也有病毒变异与整合增减增加的因素，因此，大小三阳患者不可因此或悲或喜，影响情绪。
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