无论是普通干扰素还是聚乙二醇干扰素，对慢性乙型肝炎的疗效都是有限的，而且不良反应较多。因此，尽管有研究显示延长聚乙二醇干扰素的疗程至2年可提高治疗应答率。但是目前普遍不推荐使用干扰素进行乙肝治疗。
在乙肝治疗中，延长疗程有可能导致更多的不良反应和经济负担，且对于预测应答不佳的大多数患者即使延长疗程也很可能无法达到满意的疗效。因此，对于应用干扰素治疗的患者，最长疗程为1年，而且在治疗24周时，对于预测疗效可能较差的患者建议停止治疗。
乙肝治疗使用干扰素的疗效预测指征主要依据HBV DNA和HBsAg定量，其中HBsAg定量是最重要的预测指标。治疗12周和24周时应根据患者的HBV DNA和HBsAg定量对干扰素的疗效进行预测。预测疗效欠佳的，建议停药并换用核苷(酸)类药物。
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