众所周知，乙肝疫苗可以预防乙肝病毒感染，既然预防乙肝的疫苗都能研发出来，乙肝患者体内的病毒却不能消灭掉呢？乙肝病毒至今不能彻底清除的原因有以几点：（1）药物无法通过肝细胞核，所以奈何不了深藏在肝细胞核内的乙肝病毒。目前医学所用的药物只能被吸收进入血液，或进入到肝细胞浆中，无法做到进入肝细胞核。因此，对那些已经进入肝细胞核的HBV没有作用。
（2）乙肝病毒与肝细胞共存亡，除了躲进肝细胞核内，还与肝细胞核的核蛋白发生整合。发生DNA整合后的肝细胞即为异常肝细胞，这种异常细胞是发生肝硬化和形成肝癌的细胞基础。（3）发生整合后的HBV-DNA一边具有病毒功能，可再次复制，使得异常肝细胞数量逐渐增加；另外一边还能保持正常肝细胞的完整结构和基本功能，不被吞噬细胞所识别和吞噬。
（4）乙肝病毒会反复感染及出现变异等情况，这些令病毒产生耐药性，使治疗效果大打折扣甚至不起作用。以上种种原因造成了乙肝病毒不能被彻底消灭、乙肝患者无法彻底治愈的局面。不过现在医学界、科学界都在竭力研发有效消灭乙型肝炎的新药物，相信不久后就能带来振奋人心的好消息。
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