许多疾病在医学是上不可能或者是很难完全治愈的，乙肝就是这样一种疾病。医学上就出现了一个词——临床治愈（Clinical cure）。但是，因为乙肝治疗最新进展让乙肝治愈有了新含义，是同之前的“临床治愈”完全不一样的新概念。在没有乙肝抗病毒药物之前，对于乙肝住院患者，只要临床症状消失，肝功能恢复正常，这位病人就算“临床治愈”了，不管其体内的病毒是否消失。现在，随着干扰素及核苷(酸)类药物的广泛应用，乙肝病毒终于可以在药物的抑制下再不能猖狂复制，甚至还可能从血液中消失。在这种情况下，乙肝治愈需要被重新定义。我国2015年版《慢性乙型肝炎防治指南》定义：乙型肝炎的临床治愈是指“持续病毒学应答且HBsAg阴转或伴有抗-HBs阳转、ALT正常、肝组织学病变轻微或无病变”。
这种临床治愈比20世纪的临床治愈更进了一步，不仅要求肝功能恢复正常，而且还要求持续的HBV-DNA检测不到。近年来，国际上一些专家提出了乙型肝炎病毒感染治愈的一些新概念：完全治愈、功能性治愈和部分治愈。完全治愈是指乙肝患者在治疗后HBsAg检测不到，HBV-DNA清除，包括cccDNA及整合DNA的清除。但就目前现有治疗手段而言，HBV感染完全治愈尚是一个很难完成的任务。有研究显示，HBsAg消失10年后，约14%的患者肝脏中仍可检测出cccDNA。因此，可以解释一些HBsAg阴性、抗HBs阴性或阳性、抗HBc阳性者（既往感染过乙肝病毒者）在使用抗肿瘤药物和免疫抑制剂治疗时发生的乙肝再激活现象。
功能性治愈是指有限疗程停药后HBsAg消失，伴或不伴HBsAg血清学转换，血清中HBVDNA检测不到。研究显示，经干扰素类药物或核苷(酸)类药物治疗后获得HBsAg消失或血清学转换的乙肝患者停药后疾病复发的风险低，肝细胞癌发生的风险显着降低，而且HBsAg消失或血清学转换发生早的患者预后更好。尽管目前的药物治疗可以达到功能性治愈的比例没有超过10%，但近几年各国指南都把这种“功能性治愈”作为一种最满意的乙肝治疗目标。经过医生和病人的共同努力，确有一些病人达到了这一目标。近些年来科学家们努力研制的一些新药，也是希望帮助乙肝病毒感染者达到这一目标的。部分治愈是指停药后血清HBV-DNA持续检测不到，但血清HBsAg仍可检出。这种治愈就是属于那些经过治疗后达到HBeAg血清学转换和持续HBV-DNA检测不到几年以上，但HBsAg没有被清除，停药后没有复发的那些患者。这也是抗病毒治疗的目标之一。
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