乙肝抗病毒治疗是目前乙肝治疗的关键，就现有的两类乙肝抗病毒治疗药物而言，干扰素疗程相对固定，我们希望患者在治疗后能实现持久免疫控制（尽管比例较低）；另一类核苷（酸）类似物（NA）没有明确的治疗疗程，需要长期用药。临床研究显示，NA持续抑制HBV DNA可减轻或使肝脏炎症消失、还可逆转肝纤维化肝硬化。研究还证实持续病毒学应答能降低肝硬化患者的死亡率、减少肝癌发生率，改善患者的临床结局。但是长期到底是多长时间？当前并没有统一固定的答案。不过，各大指南提出了当前比较认可的停药标准和治疗终点，达到这些标准的患者可以考虑停药。
EASL指南认为，持久的HBsAg消失伴或不伴HBsAg血清学转换是慢性乙肝治疗的理想终点。我国指南建议，NA治疗的总疗程至少4年，在达到HBV DNA低于检测下限、谷丙转氨酶（ALT）复常、HBeAg血清学转换后，再巩固治疗至少3年（每隔6个月复查1次）仍保持不变者，可考虑停药，但延长疗程可减少复发。HBeAg阴性患者疗程宜长。当前还需研发更准确有效的生物标志物，指导患者安全停药。
然而，超过60%的HBeAg阳性患者和大多数HBeAg阴性患者经过四年以上的长期治疗，仍然无法达到功能性治愈的目的，需要更长时间的治疗，当前已经有NA抗病毒治疗十年以上的患者。根据观察，这些患者中有4%可达到HBsAg清除，可以停药。长期治疗不等于终身治疗。除乙肝肝硬化患者需要终身抗病毒之外，大部分患者都有停药可能。临床医生在与患者交流时，注意不要放大长期治疗的概念，但也不要回避终身治疗的可能性。现在有很多新的乙肝靶向药物处于研发中，将来或许就可以像丙肝那样，通过相对较短的固定疗程实现治愈。
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