乙肝患者抗病毒治疗的时机与患者的免疫状态密切相关，我们可以根据肝功能、病毒含量、肝穿刺活检检查结果、超声等检查做出判断。大三阳患者何时应进行抗病毒治疗？对于大三阳患者，如果乙型肝炎病毒DNA持续阳性，且乙肝病毒DNA ≥ 1 × 10^5拷贝/毫升，丙氨酸氨基转移酶（ALT）≥ 2倍的正常值上限，就应该开始进行抗病毒治疗（使用干扰素或核苷酸类似物）。如ALT虽然异常，但未达到2倍的正常值上限，那么就需要进行肝穿刺活检检查，如果肝组织有中度及以上的炎症或纤维化，也可进行抗病毒治疗。
乙肝小三阳患者何时应进行抗病毒治疗，小三阳患者抗病毒治疗的标准仅是乙型肝炎病毒DNA水平略低于大三阳患者(低一个数量级，乙肝病毒DNA ≥ 1 × 10^4拷贝/毫升) ，其余的条件与大三阳患者基本一样。大三阳指的是血清乙型肝炎病毒表面抗原（HBsAg）阳性 、乙型肝炎病毒e 抗原（HBeAg） 阳性、乙型肝炎病毒核心抗体（抗-HBc）阳性。小三阳指的是HBsAg阳性、乙型肝炎病毒e 抗体（抗-HBe）阳性、抗-HBc阳性。
其它情况：对持续乙型肝炎病毒DNA阳性、达不到上述治疗标准、但有以下情形之一的大三阳或小三阳患者，也应考虑给予抗病毒治疗：对ALT大于正常上限且年龄大于40岁者，也应考虑抗病毒治疗。对ALT持续正常但年持较大者(大于40岁) ，应密切随访，最好进行肝穿刺活检检查，如果肝组织有中度及以上的炎症或纤维化，应积极给予抗病毒治疗。动态观察发现有疾病进展的证据(如脾脏逐渐增大、FibroScan进行性增高)者，建议进行肝穿刺活检检查，必要时进行抗病毒治疗。
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