服用恩替卡韦的患者一般是不会发生耐药情况，不良反应也相对来说很少，安全性高，非常适合需要长期的进行抗病毒治疗的患者，孕妇不能用；而替诺福韦的抗病毒能力虽然相对比较的强，孕妇也可以服用，但是有可能会对肾脏造成损伤，尤其对于一些患有糖尿病等人群，如果需要长期服用替诺福韦，会很容易造成患者的肾脏损伤。
若是仅仅按照抗病毒强弱的程度来比较，恩替卡韦的抗病毒能力确实比替诺福韦的抗病毒能力稍弱；而且恩替卡韦还和替夫比定、拉夫米定这两种药物存在交叉耐药。也就是说，如果患者曾经对替夫比定和拉夫米定这两种药物产生过耐药性的话，就不能再使用恩替卡韦了，否则也会容易发生耐药。按照以上的比较，患者可以根据自己的需求来选择抗病毒药物，如：①如果之前对替夫比定或者拉夫米定这两种药物产生了耐药性，建议放弃恩替卡韦，从而选择替诺福韦；②孕妇或备孕期，可以询问专业医生之后，再决定是否选择替诺福韦；③患有肾脏疾病或者有糖尿病、高血压，甚至是年龄较大的患者，则尽量选择恩替卡韦，避免其他抗病毒药物对肾脏造成损伤等等。
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