与成人抗病毒治疗的目标类似，儿童慢性乙型肝炎（CHB）治疗的目标是通过长期抑制病毒复制，减轻炎症和肝纤维化，降低肝病进展，减少肝硬化、肝癌的发生，从而改善生活质量和提高长期生存率。治疗终点是达到长期维持病毒学应答（HBV DNA检测不到）、HBeAg血清学转换，争取获得持久的HBsAg消失，HBsAg血清学转换。
既往干扰素（IFN）治疗提倡在40岁之前，后来提前到30岁之前，现在很多专家认为，如果提前到儿童期进行治疗，可能会取得更好的效果。另外，临床上仅依据病原血清学和ALT检查约有21%的亚临床活动性CHB得不到治疗，因此不宜片面将ALT水平升高作为CHB抗病毒治疗的必要条件，必要时需要获取肝脏组织学证据或综合考虑多种因素尤其肝癌家族史情况。
近期有中国专家团队参与的全球0151研究，探讨了关于聚乙二醇干扰素（PegIFN）α-2a在3~18岁HBeAg阳性免疫活动期儿童患者中的疗效和安全性。结果发现，与对照组相比，治疗组HBeAg血清学转换率（26% vs 3%）、HBeAg消失率（26% vs 3%）、HBV DNA不可测（17% vs 1%）、表面抗原消失率（8.9% vs 0%），均明显高于对照组，而干扰素治疗后成人表面抗原消失率仅为3%~6%。所以只要进行合适的治疗，儿童抗病毒治疗的效果要好于成人。
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