血清检查出单一乙肝核心抗体阳性原因可能有：(急性乙肝感染“窗口期”,机体处于HBsAg已经消失而乙肝表面抗体尚未产生的阶段，此时乙肝核心抗体 IgM可阳性，血液可能仍具有传染性。慢性乙肝感染，HBsAg水平很低，低于一般检测方法的检测下限。
既往的乙肝感染，由于乙肝核心抗体比乙肝表面抗体在体内存在的时间长，因此在乙肝表面抗体消失或者在可检测水平下限时，乙肝核心抗体仍可存在。(基因突变而使HBsAg抗原决定簇的结构发生改变，使得HBsAg不能被目前基于单克隆抗体的HBsAg检测试剂盒检出。（5）乙肝核心抗体的被动转移：HBsAg携带者母亲所生婴儿（乙肝核心抗体可经胎盘转移）可呈现单一乙肝核心抗体阳性。
值得注意的是， 乙肝核心抗体也存在假阳性的情况，可能有以下解释：1、丙型肝炎病毒感染的干扰。有研究发现丙肝患者其单一乙肝核心抗体阳性率也偏高, 但其确切机制有待进一步研究
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