乙肝患者抗病毒治疗已经达成共识，而我们抗病毒治疗目的是减少由于进展期肝病导致的发病率及病死率，所以如何更好的选择抗病毒的药物才是最重要的。新版乙肝指南推荐高效、低耐药的（恩替卡韦及替诺福韦）作为首选一线抗病毒药物，以避免由于耐药导致病情恶化。乙肝特效药替诺福韦、恩替卡韦均是强力抑制HBV复制的药物，与拉米夫定或阿德福韦比较，对于未经核苷类似物治疗的HBeAg-阳性及HBeAg-阴性患者，替诺福韦或恩替卡韦具有强效抗病毒作用，可获得HBV DNA阴转及ALT正常化。
恩替卡韦和替诺福韦不仅抗病毒作用强，而且耐药率低。其中，乙肝初治患者替诺福韦连用3年均未发现变异耐药；而恩替卡韦只有乙肝病毒在拉米夫定耐药的基础上再出现另外两个位点变异时才会耐药，初治患者每日1次治疗两年的病毒耐药率不到1%，3年的耐药率仅1.7%。
药物自身的副作用不仅会影响治疗的依从性，而其本身也是医生和患者选择用药的考虑因素之一。在长期抗病毒治疗中，使用乙肝特效药恩替卡韦进行治疗，很少发生不良反应；替诺福韦自上市以来未见严重不良事件报道。但使用替诺福韦长期抗病毒治疗过程中应注意对肾功能的影响，加强肾功能监测。在疑似发生替诺福韦相关肾功能不全和/或骨病时，应停用替诺福韦，并根据既往已知的耐药情况换用恩替卡韦。
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