乙肝是一种较为复杂的疾病，不像高血压、糖尿病只需要看血压或血糖一个单一的指标。生化学、病毒学以及血清学指标都是治疗疗效的评价指标。乙肝疾病较为复杂，治疗疗程较长，了解疗效判断指标，对于患者理解自己的病情，配合疾病的治疗与保健均较为有益。下面介绍一些乙肝治疗判断指标与可能的误区。乙肝治疗后，通常会出现生化学应答，也即是我们常说的ALT复常，这说明肝脏的炎症活动减轻，肝脏损害减小；接下来可以看到的是病毒学应答，患者的HBV DNA水平会降低并逐步转阴，提示药物治疗有效的控制了应病毒的复制；在接下去，一个有效的治疗会带来血清学应答，这可能包括HBeAg清除或转换，甚至HBsAg清除。
乙肝抗病毒治疗如果获得以上所有应答就被称为完全应答，这是治疗应追求的目标。不过，目前比较多见的情况是，大家看重生化学和病毒学应答，不重视血清学应答。事实上，获得生化学应答与病毒学应答仅仅是乙肝治疗的最初步骤，治疗不能在此踏步不前。那么乙肝患者进行乙肝治疗最好的治疗结果是什么呢？2012年，权威慢性乙型肝炎指南EASL指南强调理想的治疗终点应当是停药后持久的HBsAg清除，满足终点是停药后持久的HBeAg血清学转换，治疗期间的HBV DNA抑制则只能作为欠满意的终点。HBsAg是乙肝病毒表面抗原的简写。大量研究发现，HBsAg阳性的患者，肝硬化、肝癌发生率高，同时，也有研究证明，实现了HBsAg清除的患者，肝脏炎症和纤维化程度显著改善，死亡率降低。而且，HBsAg的清除越早越好，如果HBsAg清除发生于患者45岁以前，患者肝硬化、肝癌以及死亡的发生率几乎为0，但如果HBsAg清除发生在45岁以后，此时即使HBsAg清除，但仍存在肝硬化、肝癌发生危险。显然，尽早治疗，尽早达到HBsAg清除非常重要。
HBeAg是乙肝病毒结构中的一种蛋白。如果HBeAg阳性的患者经过一段时间发现，HBeAg变为阴性，那通常都表示疾病有所恢复，治疗取得了一定的疗效。HBeAg清除，就有利于打破机体的免疫耐受，提高机体对乙肝病毒的清除。一旦发生HBeAg血清学转换，就预示着患者未来发生肝硬化和原发性肝癌的风险大大减少，同时HBeAg血清学转换也是HBsAg清除的前提和基础。简而言之，获得HBeAg血清学转换与HBsAg清除才能真正实现疾病的长期缓解，降低肝硬化、肝癌的风险，获得安全停药的机会；而单纯治疗期间的HBV DNA抑制，不能作为停药指标，还需长期治疗。在治疗中，以最理想的治疗结果为目标，定期检测，积极观察各项指标的变化，有助及时掌握病情变化，了解治疗效果，理解、配合医生对治疗方案的调整。
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