乙肝小三阳肝炎时，特定位点变异的乙肝病毒。绝大多数是前C变异，这种变异病毒复制能力比较弱，血清病毒水平比较低，一般不到6次方，很多只有4-5次方，它所招致的淋巴细胞比较少，肝细胞炎症比较轻，乙肝小三阳一般转氨酶只有100上下，有时稍微增高，甚至正常。
少数是C启动因子变异的病毒，这种变异病毒复制能力较高，引起的肝炎可能较重。因此大多数乙肝小三阳肝炎的炎症比较轻，转氨酶增高的幅度较小，甚至可以正常，所以乙肝小三阳肝炎常常漏诊。因为经常漏诊，所以病情常常长期迁延，虽然引起的肝细胞炎症比较轻，但总有一些纤维化，日积月累，肝炎就容易发展成为肝硬化。
乙肝小三阳肝炎的变异病毒复制水平不会很高，病情不会很活跃，转氨酶可以在正常范围。如果是小三阳肝炎一旦漏诊，耽误时间长了可能会发生肝硬化，但如果只是慢性携带，用了核苷(酸)类药物，治疗无效又可能耐药，所以正确诊断非常重要。
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