法匹拉韦最有利的特征之一是它对耐药突变体的产生显示出很高的屏障。自从首次描述其对人类流感病毒的活性以来，仅报告了一种耐药突变体。分离脊髓灰质炎病毒和流感病毒耐药变种的尝试似乎没有成功。此外，在法匹拉韦给药前后从患者分离的流感病毒对显示对药物的敏感性没有变化。
在法匹拉韦治疗后诺如病毒感染的小鼠中也报告了类似的结果。此外，先前报告法匹拉韦介导的致命诱变病毒灭绝的研究没有描述特定突变或耐药变异的选择。在我们的系统中，40μM法匹拉韦似乎不会导致病毒的灭绝，因为在连续三次盲传的滞后阶段之后，在培养物中再次检测到CPE的存在。IC的比较50滞后阶段后在上清液中回收的病毒与原始样品的值证实了选择具有增加法匹拉韦耐药性的变体，表明选择对药物耐药性增加的突变病毒。
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