K229R突变可能赋予对法匹拉韦(Favipiravir)耐药性的一种可能机制是增加聚合酶的保真度,正如在几种病毒系统中观察到的利巴韦林耐药性一样。为了研究K229R,P653L或双突变体是否对其他核苷类似物(如利巴韦林)具有抗性,我们在微型基因组测定中测试了双突变体对利巴韦林的敏感性。我们发现与野生型聚合酶(双向方差分析,P= 0.95)。这一观察结果表明,K229R突变赋予了对法匹拉韦的特异性耐药性,并且可能不会通过增加聚合酶保真度来赋予法匹拉韦耐药性。
法匹拉韦(Favipiravir)可以有效地的抑制住K229R突变情况
为了排除K229R突变通过降低RdRP错误率来赋予对法匹拉韦的抗性,我们使用二代测序来量化病毒突变。为了确保提供的输入模板定义良好,并且我们的分析不会因病毒编码聚合酶基因诱导的突变而导致的选择压力或RNA表达丧失而变得复杂,我们对病毒聚合酶在微型基因组测定中复制的RNA群体进行了测序。
为了确保我们能够正确识别聚合酶错误,忽略测序错误,并且只计算每个突变一次,我们使用了引物ID,这是一种在逆转录过程中使用条形码引物池的方法,用唯一分子标识符(UMI)标记每个病毒RNA。尽管该方法可用于为每个独特的cDNA分子构建共识序列以消除PCR或测序错误,但该方法仍然对逆转录酶引入的错误敏感。为了尽量减少这个问题,我们在没有药物的情况下测量了聚合酶突变体相对于野生型的突变率。
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