ALK驱动的神经母细胞瘤患者的首个儿童I期临床试验(NCT03107988)显示对劳拉替尼（Lorlatinib）敏感。本研究从参加该试验的患者中收集了一系列ctDNA样本，在11例患者(27%)中发现了脱靶耐药突变，主要发生在RAS-MAPK途径，还在6例(15%)患者中发现了新的继发性复合ALK突变，均为疾病进展时获得的。功能细胞、生化和计算分析阐明了劳拉替尼的耐药机制。
循环肿瘤ALK VAF(等位基因突变频率)随劳拉替尼的临床反应而变化
本研究使用FoundationOne液体活检对ALK驱动的复发/难治性神经母细胞瘤患者的ctDNA进行分析，共49名患者接受ALK抑制剂治疗，有41名患者用于后续ctDNA研究。
根据患者的ctDNA、ALK和VAF水平以及他们对劳拉替尼治疗的反应，将患者分为“ALK依赖”组1、“ALK独立”组2和“ALK不可检测”组3.超过一半患者被分为组1(21/41;51%)，突变的ALK VAF水平与临床反应相关。11例患者为组2(11/41;27%)，其特征是循环肿瘤ALK VAF与临床反应之间缺乏相关性。8例患者的ctDNA样本未检测到ALK突变，属于组3.所有患者均对治疗有反应。
新出现的脱靶突变是劳拉替尼（Lorlatinib）获得性耐药的驱动因素
本研究在11名患者(11/41.27 %)中观察到潜在的脱靶机制。患者17出现FGFR1 N546K变异(VAF = 60.4%)并伴有疾病进展，患者43同时获得MLL2 W2818*突变(VAF = 30%)和CIC S554*突变(VAF = 12.8%)。12名患者存在RAS-MAPK/PI3K下游通路畸变。6例患者在治疗期间获得新的RAS-MAPK/PI3K通路改变，几乎总是在临床/影像学疾病进展之前发生。有趣的是，在3例患者(患者2、13、14)中，RAS-MAPK通路改变(PTPN11或BRAF)的获得与继发性ALK突变的获得相吻合(图2)，并可能导致劳拉替尼耐药疾病。这些发现表明，在ALK靶向治疗过程中，对ctDNA样本进行系列分析可能对在疾病进展时或进展前识别其他可操作的突变具有价值。
随着疾病进展获得继发性ALK TKD突变
6例患者在疾病进展时获得了ALK TKD的继发性突变，表明尽管劳拉替尼抑制剂具有效力，但复合ALK突变可导致劳拉替尼（Lorlatinib）耐药。F1174L/G1202R, F1174L/D1203N，F1174C/G1202R和F1174L/L1196M复合突变均在劳拉替尼治疗后的疾病进展时在患者的ctDNA中观察到(图3)。这6例患者(其中3例也携带MYCN扩增)中的继发性ALK突变是在对劳拉替尼的初始疾病反应一段时间后获得的，其先于疾病进展或在疾病进展中出现。
ALK复合突变直接降低劳拉替尼体外敏感性
为了了解这些复合突变是如何引起劳拉替尼耐药的，对纯化的ALK酪氨酸激酶结构域(TKD)进行了体外生化研究。在F1174L或R1275Q突变的ALK-TKD中加入cis(顺式)G1202R突变，IC50提高了10倍以上，与细胞结果一致。继发性G1202R突变使得F1174L/G1202R和R1275Q/G1202R复合形式的ALK TKD对劳拉替尼的敏感性并不比单一突变的F1174L或R1275Q ALK变体对克唑替尼的敏感性更高。
本研究证明了液体活检在提供疾病和治疗过程的临床相关信息以及确定耐药机制方面的意义。需要更全面的研究来充分确定劳拉替尼（Lorlatinib）治疗压力下基因组改变的克隆进化。我们还推测，在首次儿童临床试验中建立的lorlatinib RP2D(约为成人推荐剂量的两倍)可能对预防复合ALK突变的发生很重要。目前，儿童肿瘤组针对ALK驱动的高风险神经母细胞瘤患者的3期研究(NCT03126916)正式证实了这一假设，劳拉替尼在一线治疗中取代了克唑替尼。本研究将收集系列ctDNA样本，并有望进一步了解患者的临床反应和耐药性。更多信息可添加康安顾问微信咨询：
