在赛可瑞（克唑替尼）耐药的患者中发现了在ALK激酶区有二次突变的情况发生，而且在相关体外实验中也证实了这些突变是导致肿瘤细胞出现耐药的原因。
当然也有好消息，在出现耐药情况下，如果是ALK融合基因激酶区突变或拷贝数扩增时，ALK信号通路有可能会被保留，并在之后的治疗中发挥一定的作用。这时使用第二代ALK抑制剂也许能够克服这些机制引起的继发性耐药问题。因此，这类突变也被称为ALK占优势的耐药。
另外也有一些好消息的例子，一名间变性淋巴瘤激酶（ALK）重排的转移性肺癌患者，因为ALK激酶域突变1156 (C1156Y)对赛可瑞（克唑替尼）产生了耐药。但对一种第三代ALK抑制剂有反应。当她的肿瘤复发时，通过测序发现除C1156Y突变外还有另一个ALK域也发生了突变——L1198F突变。这个突变导致了对患者对第三代ALK抑制剂耐药。但反而增强了与赛可瑞（克唑替尼）的结合，使对赛可瑞（克唑替尼）复敏。这位患者再次接受了赛可瑞（克唑替尼）的治疗，她的肿瘤相关症状及肝衰竭问题也随之解决。
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