推广CAR-T疗法的主要障碍来自脱靶效应。像CD19不是肿瘤的靶点，而是B细胞本身的靶点。肿瘤细胞清除掉的同时B细胞也被清除掉了。这已不是杀敌一千，自伤八百。更不是杀敌一千，自伤八十。而是宁可错杀一千，绝不放过一个。好在患者没有B细胞照样可以生存，只要定期输入丙种免疫球蛋白即可。
只要靶点不是百分百肿瘤特异性，就会有脱靶效应，这是CART副作用的主要来源。据报道，一例以HER2为靶抗原针对结肠癌的第三代CART治疗，病人输入CART十五分钟后出现呼吸窘迫，五天后死亡。检测到高水平的细胞因子并发现CART细胞浸润肺组织。一个解释是靶抗原在正常肺组织中有表达。
为了提高CAR-T治疗安全性和有效性，一个保守的剂量递增方法是在2天或以上分散T细胞输入剂量，不断监测毒性迹象，阻止可能诱发大规模反应的进一步T细胞输入。用单克隆抗体封闭靶抗原来缓解脱靶反应也是必要时的一种选择。最近还提出了引入自杀基因的方案，必要时立即启动CART自杀，目前在III期临床试验。
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