接受ACT治疗后，T细胞活化会产生免疫刺激和炎症反应。目前，靶向CD19、BCMA和CD22的CAR-T细胞疗法都出现过严重的细胞因子释放综合征(CRS)，比用TIL和TCR治疗出现的流感样综合征更加严重。CAR-T细胞疗法带来的CRS与肿瘤负荷相关。此外，靶向CD19和BCMA的CAR-T细胞曾报道过意外神经系统并发症。其中CD19 CAR-T细胞疗法产生的神经毒性大部分可逆，但目前还不清楚脑水肿是CRS引起的还是另外有作用机制。目前，研究人员对于T细胞免疫疗法导致的CRS和脑水肿的机制仍不清楚。
尽管ACT疗法属于异基因骨髓移植，但由于MHC的原因，ACT疗法目前仍集中在自体T细胞。如果可以消除MHC障碍，就能够实现同种异体T细胞治疗。与自体T细胞疗法相比，通用型CAR-T细胞来源于健康供体，有可能克服许多与癌症治疗相关的免疫缺陷；另外，通用型CAR-T细胞疗法的制造工艺更加简化，有望实现更快速、更便宜的“现成(off the shelf)”细胞疗法产品。最近，一项采用TALEN（转录激活因子效应物核酸酶）基因工程化改造的细胞在两名患者身上进行了试验，结果证明了现成的CD19 CAR-T细胞疗法的可行性。
但基因通用型CAR-T细胞的移植在两个受试者中都受到限制，减弱了疗法的有效性。重要的是，受试者1的所有MHC I等位基因发生错配，导致了移植物抗宿主病。这意味着完全的基因编辑对于该疗法的成功至关重要。另外，自然杀伤(NK)细胞对MHC I类缺陷细胞的识别也可能限制了移植。防止NK细胞溶解通用型CAR-T细胞的一种方法是插入HLA-E并删除HLA-A，-B和-C，这样可以阻止宿主T细胞杀死通用型CAR-T细胞。由于该领域的快速发展，通用型CAR-T细胞可能得到广泛应用。然而，问题是它到底能作为单药疗法还是辅助疗法。
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