有趣的是,尽管B因子在高分辨率共晶体结构中分布非常大,而归一化B因子却显示出更窄的分布。归一化B因子已被用作分析蛋白质结构的指标,以检查各个部分的运动蛋白质的结构,例如二级结构与随机螺旋,活性位点与非活性位点以及埋藏位点与溶剂前沿残基。最近,标准化的B因子分析已用于关联特定的临床相关的间变性淋巴瘤激酶点突变尽管有许多已发表的实例利用归一化的B因子分析进行了研究。
但据我们所知,尚无与基于结构的药物设计相关的用例实例。在配体-蛋白质动力学研究中,归一化B因子的使用非常引人注目,因为它构成了动力学的实验量度,可以验证计算机模拟(例如分子动力学模拟)中的动力学。它也是其他实验方法(例如氢-氘交换质谱法(HDX)11和核磁共振(NMR)实验)的补充。虽然这三个都是研究配体-蛋白质复合物运动的极有价值的工具,但标准化的B因子分析具有实现原子分辨率的独特能力。
在大多数情况下,可逆结合的配体与蛋白质的相互作用会引起蛋白质-配体复合物的稳定或“冷却”,并与配体效价大致相关。配体可能会影响近端和远端残基的稳定。这些通过标准化B因子测量的稳定性差异可在药物设计中作为配体优化过程的一部分加以利用,特别是通过分析结合位点残基的特异性变化。
作为使用归一化B因子分析解释效价差异的概念证明,我们回顾性检查了第一代和第二代间变性变性淋巴瘤激酶(ALK)和c-ros癌基因1激酶(ROS1)抑制剂克唑替尼和劳拉替尼的结合。在临床上,ALK和ROS1致癌性易位定义了非小细胞肺癌(NSCLC)的子集。此外,这两种蛋白均在激酶结构域中显示出突变,作为对ALK或ROS1抑制剂疗法的获得性耐药机制。在ALK的情况下,关守突变(ALK-L1196M)占主导。劳拉替尼一个月多少钱?在哪里可以购买?详情可咨询下方微信。
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