尽管上述示例是回顾性观察,但它们说明了标准化B因子的差异如何以预测方式用于基于结构的药物设计。使用归一化的B因子进行的分析可直观显示氨基酸构象差异和动力学影响力。尽管也可以使用计算化学方法来探究这种差异,但归一化的B因子是通过实验得出的,已经成为PDB晶体结构数据包的一部分。
总之,相对于克唑替尼,劳拉替尼显着改善了ROS1和ALK L1196M的生化和基于细胞的抑制作用。效力的这种增强与克唑替尼和劳拉替尼的动力学趋势很好地相关,该趋势由针对ROS1和ALK共晶结构的归一化B因子量化。归一化B因子的这些差异源自此回顾性分析中的特定相互作用。这些分析表明如何将归一化的B因子用于支持SBDD。
标准化的B因子数据和分析为基于结构的药物设计中共晶结构数据的使用增加了价值。它提供了有关蛋白质-配体复合物动力学的信息,可帮助您找出有利于或不利于结合的特定差异。我们已经发现,当比较是由较小的结构变化和基于特定残基的观察结果进行比较时,归一化的B因子分析最为有效,如上面的回顾性案例研究所示。
归一化B因子的变化可能显示出所关注的特定相互作用的增强或减弱。甚至配体结构的微小变化也可以通过多种方式改变结合亲和力:亲脂性驱动的变化或由蛋白质菌株,配体菌株,去溶剂化罚金等引起的变化。利用归一化的B因子,传统的结构分析/ SBDD和亲脂性效率的提高可以帮助消除这些差异,并对成功的药物设计产生重大影响。
当结合位点残基的绝对位置在不同效力的抑制剂之间保守时,标准化的B因子分析特别有用。在这种情况下,使用来帮助分析蛋白质与配体之间的相互作用强度具有很大的潜力,可以增加其他方面尚不明显的见解。除了用于分析蛋白质-配体复合物外,还可以利用标准化的B因子来改善预期化合物的建模。劳拉替尼一个月多少钱?在哪里有购买?详情可咨询下方微信。
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