帕唑帕尼/培唑帕尼反应的预测性生物标志物

　　软组织肉瘤是一种罕见的恶性肿瘤，通常通过手术切除和放射治疗进行治疗，但最近，一种口服酪氨酸激酶抑制剂帕唑帕尼（培唑帕尼）已用于对标准化疗方案无反应的转移患者。基于先前接受过化疗的晚期软组织肉瘤患者，几项临床研究报告了帕唑帕尼治疗的软组织肉瘤患者的生存率和敏感性（约 5% 至 10% 的敏感性）。最近，下一代测序 (NGS) 技术已被用于提供广泛的遗传信息并开发癌症治疗中的个性化医学。然而，对帕唑帕尼完全缓解（CR）的软组织肉瘤患者的报道很少，也没有基因分析。

　　我们描述了一名罕见的晚期软组织肉瘤患者的临床病理学特征，该患者在帕唑帕尼（培唑帕尼）治疗中达到 CR。此外，使用 NGS 和阵列进行综合分析以阐明特征性改变，包括与对帕唑帕尼的反应相关的基因突变、拷贝数变化和蛋白质表达。此外，还进行了由体外和体内测定组成的功能分析，以阐明所鉴定的改变是否与致癌能力和药物反应有关。

　　方法

　　在来自一名患有晚期软组织肉瘤的 70 岁女性的样本中，每天口服 800 mg 帕唑帕尼（培唑帕尼）治疗 1 个月，CT 扫描显示治疗达到 CR。据我们所知，在帕唑帕尼的几项临床试验中，没有软组织肉瘤患者达到 CR，因此，我们的患者被认为是极其罕见的。我们使用来自 CR 与正常样本匹配的患者的肿瘤样本进行了综合分析，包括全外显子组测序、转录组测序和受体酪氨酸激酶 (RTK) 的磷酸化分析。从这里开始，我们将把该患者称为 CR，尽管短期的高度部分反应可能更准确。这些分析是使用 NGS 和磷酸受体酪氨酸激酶 (phospho-RTK) 阵列进行的。作为一项验证研究，我们还使用来自长期稳定疾病患者的三个样本和来自对帕唑帕尼治疗有反应的进展性疾病患者的两个样本进行了目标测序。此外，在 1 名 CR 患者、3 名长期稳定疾病患者和 27 名具有不同组织学亚型和不同组织学亚型的高级别软组织肉瘤患者中，根据对帕唑帕尼的反应确定了特征性基因改变。通过定量实时聚合酶链反应验证了对帕唑帕尼的反应。我们进行了焦点形成分析来评估这些基因组改变的转化活动。我们还使用来自长期稳定疾病患者的三个样本和来自对帕唑帕尼治疗有反应的进展性疾病患者的两个样本进行了靶向测序。此外，在 1 名 CR 患者、3 名长期稳定疾病患者和 27 名具有不同组织学亚型和不同组织学亚型的高级别软组织肉瘤患者中，根据对帕唑帕尼的反应确定了特征性基因改变。通过定量实时聚合酶链反应验证了对帕唑帕尼的反应。我们进行了焦点形成分析来评估这些基因组改变的转化活动。我们还使用来自长期稳定疾病患者的三个样本和来自对帕唑帕尼治疗有反应的进展性疾病患者的两个样本进行了靶向测序。此外，在 1 名 CR 患者、3 名长期稳定疾病患者和 27 名具有不同组织学亚型和不同组织学亚型的高级别软组织肉瘤患者中，根据对帕唑帕尼的反应确定了特征性基因改变。通过定量实时聚合酶链反应验证了对帕唑帕尼的反应。我们进行了焦点形成分析来评估这些基因组改变的转化活动。通过定量实时聚合酶链反应验证了 3 名长期稳定疾病的患者和 27 名具有不同组织学亚型和对帕唑帕尼反应不同的高级别软组织肉瘤患者。我们进行了焦点形成分析来评估这些基因组改变的转化活动。通过定量实时聚合酶链反应验证了 3 名长期稳定疾病的患者和 27 名具有不同组织学亚型和对帕唑帕尼反应不同的高级别软组织肉瘤患者。我们进行了焦点形成分析来评估这些基因组改变的转化活动。

　　结果

　　在帕唑帕尼（培唑帕尼） CR 的患者中，我们发现了几种体细胞突变，包括 Fms 相关受体酪氨酸激酶 1 (FLT1) p.G38S、血小板衍生生长因子受体 α (PDGFRA) p.T83S 和血小板衍生生长因子受体 β (PDGFRB) 外显子 13 跳跃。还检测到包含 GLI 家族锌指 1 ( GLI1) 和细胞周期蛋白依赖性激酶 4 (CDK4)的染色体 12q13-14 的扩增。此外，在肿瘤中观察到升高的 PDGFRB 磷酸化水平。在五名患者的靶测序分析中，三名患有长期稳定疾病的患者中有一名有 12q13-14 扩增。GLI1、CDK4的mRNA表达, 帕唑帕尼靶点包括PDGFRA、PDGFRB、血管内皮生长因子受体 (VEGFR)1-3 和干细胞因子受体 (KIT) 在来自 CR 患者和 27 名高级别软组织肉瘤患者的样本中已验证。GLI1的表达与其他软组织肉瘤患者相比，在 CR 患者和长期稳定疾病患者中，βGLI1 的过表达在 3T3 细胞中显示出强大的转化潜力。此外，GLI1 的过表达上调了 PDGFRB 蛋白的表达并促进了磷酸化，而帕唑帕尼对磷酸化的抑制呈剂量依赖性。然而，帕唑帕尼对 GLI1 诱导的转化的抑制作用在病灶形成试验中是有限的。因此，PDGFRB 激活以外的机制可能有助于转化。

　　结论

　　我们在接受帕唑帕尼（培唑帕尼）治疗晚期软组织肉瘤的患者中发现了几种可能与 CR 和长期稳定疾病相关的基因改变。因此，我们认为这种独特的分子谱值得进一步研究，以确定对帕唑帕尼反应的预测性生物标志物。

　　我们的研究结果确定了可能解释软组织肉瘤对帕唑帕尼（培唑帕尼）的高敏感性的分子机制，并可能导致在这种和其他类型的软组织肉瘤患者中开发预测性生物标志物和新疗法。微信扫描下方二维码了解更多：